セミナー詳細

AI for Science：新しい科学の方法の科学

瀧川　一学 　博士

東京大学 新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻・教授 (北大WPI-ICReDD/理研AIP)

【概要】

　機械学習は音声・画像・動画、さらには言語処理を支える中核技術として実用化が進み、日常のツールやサービスに深く浸透している。次なるフロンティアとして注目されているのが自然科学であり、AI for Scienceとして世界中で盛んに研究されている。本セミナーでは、20年以上にわたり機械学習の研究に従事し、同時に生命科学や化学など自然科学分野での実践研究に携わってきた立場から、いくつかの研究事例を紹介しながら、生命科学と機械学習の交差領域で現在起きている動向、そして機械学習の急速な発展がもたらす新たな機会と課題を概観する。また、ChatGPTに始まる近年の生成言語モデルの急激な進化は専門家の予想をも超えるものであるが、「人間がなぜ言語を使えるのか」の理解には全く結び付いていないという批判と議論がある。科学的理解とは何か、科学的モデルとは何かを考える上で、この事実は構成的理解のあり方そのものに懐疑を投げかけるものであり、時間があればこうしたメタサイエンス的観点についても議論したい。

日時： 2025年5月29日（木） 15:00～16:30
場所： Zoom と理学部 3 号館412 号室
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
info.kuroda-lab [at] bs.s.u-tokyo.ac.jp
までメールをいただければZoomのURLを送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。

いきものの形を生み出す原理は何か？

近藤　滋　博士

国立遺伝学研究所　所長

【概要】

　生物の形態形成で最も不思議なのは、すべての始まりである卵が「形を持たない」のに、成長とともに驚くほど複雑で秩序ある形態を獲得していくことです。それを可能にするには、位置や方向を決める“物差し”が必要ですが、それはどこから来るのでしょうか？　この謎に初めて合理的な答えを与えたのは、生物学者ではなく数学者アラン・チューリングでした。彼は「反応拡散」という化学反応が波を生み出す仕組みを予測し、それが皮膚の模様や臓器の形を決める鍵であることを示しました。今ではこの理論は、発生の基本原理として広く認められています。反応拡散理論は、２次元的な繰り返しパターンを簡単に生成しますが、生物の形態は、より複雑であり、かつ３次元です。ですから、実際の「いきものの形」を作るには、別の原理が必要なはずです。それを探すために我々のグループでは、いくつかの特徴的な形態を持つ生物について、理論的、実験的にその原理を探してきました。今日のセミナーでは、その試みをいくつか紹介させていただきます。
　一つ目は、カブトムシの角です。昆虫は脱皮で成長しますが、その前後で大きく形が変わることがあります。カブトの角はその典型的な例です。幼虫の頭部には、角の原基が格納されており、表面に特殊なパターンで皺が刻まれた袋のような構造をしています。蛹への脱皮の時には、袋の中に体液を送り込むと、皺が伸びながら袋が膨らみ、角が完成します。再封的な角の形態は、袋に刻まれた皺のパターンがコードしていることになります。（松田佳祐現九大助教、足立晴彦現慶応大研究員）
　２つ目の例は、魚のヒレです。段階的に大きくなる昆虫とは違い、連続的に大きくなる内骨格動物は、全く別の原理が必要です。我々（特に生命誌研究館所属の黒田純平研究員）は、細胞が、コラーゲン繊維を柱のような構造材として使うことで、成長と形態形成を行う仕組みを明らかにしつつあります。
　最後にもう一つ。この複雑な貝殻、どんな原理で作られているのでしょう？詳細は省きますが、この美しい形の設計原理は、脳の中に存在する「貝の意志」なのです。何を言っているのかわからないと思いますが、このセミナーを聴講した後には「そんなのあたりまえじゃん」と思っていただけるはずです。ご期待下さい。

日時： 2025年6月6日（金） 15:00～16:30
場所： Zoom と理学部 1 号館337A 号室
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
info.kuroda-lab [at] bs.s.u-tokyo.ac.jp
までメールをいただければZoomのURLを送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。

Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation

神元 健児 博士

大阪大学微生物病研究所

https://www.biken.osaka-u.ac.jp/laboratories/detail/72

【概要】

Recent technological advances in single-cell sequencing enable the acquisition of multi-dimensional data in a high-throughput manner. These technologies reveal the existence of heterogeneity and the diversity of cell states and identities. To dissect the regulatory mechanisms underlying such phenomena, many computational methods to infer Gene regulatory Networks (GRNs) have been proposed. However, understanding biological events from a GRN perspective remains difficult. Even if a computational algorithm can infer GRN models, the biological network is so complex that it is challenging to understand how it systematically dictates cell identities. There is significant demand for new methodologies that bridge the gap between cellular phenotypes and the underlying GRN model. Thus, we have developed a new computational method, CellOracle, for the inference and analysis of GRNs. CellOracle first infers sample-specific GRN configurations from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data by utilizing machine learning algorithms and genetic information. Our GRN models are designed to be used for the simulation of cell identity changes in response to gene perturbation. This simulation enables network configurations to be interrogated in relation to cell-fate regulation, facilitating their interpretation. We validate the efficacy of CellOracle to recapitulate known outcomes of well-characterized gene perturbations in developmental processes, including mouse and human hematopoiesis. We also apply CellOracle to zebrafish embryogenesis, systematically perturbing transcription factors and experimentally validating key candidates, identifying a novel mechanism that regulates cell identity in axial mesoderm development. Our validation results demonstrate the efficacy of our new approach to infer and interpret the dynamics of GRN configurations, promoting new mechanistic insights into the regulation of cell identity.

日時： 2025年3月4日（火）  15:00 – 17:30
場所： Zoom and Room 412, Faculty of Science Building 3, University of Tokyo
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
info.kuroda-lab [at] bs.s.u-tokyo.ac.jp
までメールをいただければZoomのURLを送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。

Tackling biological context, one network at a time: Examples from network biology and network pharmacology

Dr. Arda Halu

Harvard Medical School, Brigham and Women’s Hospital

https://halu-lab.bwh.harvard.edu/

【概要】

Networks have proven time and again to be highly versatile tools in modeling biological interactions, finding useful applications in basic and clinical research alike. In the majority of these applications, however, the inherently context-specific nature of these interactions remains largely unaccounted for, despite increasingly granular and multi-dimensional biomedical data. In this seminar, I will present two network-based methods that we have recently developed to address, in a context-aware manner, present challenges related to computational drug discovery and cellular signaling. I will first talk about our method that uses a large-scale pharmacogenomic database to build over 50 cell type-specific gene-perturbation networks and integrates these networks with diverse disease phenotypes and cheminformatic data for a nested prioritization of cell lines and perturbations. I will demonstrate that our method outperforms currently available techniques in terms of predictive power and offers the potential to be a feasible blueprint for a cell type-specific drug discovery and repositioning platform. I will then switch over to a recently published multilayer network-based statistical framework from our lab that uses high-dimensional edges, or multilinks, to model crosstalk between signaling pathways. I will show that using statistically overrepresented multilinks as proxies of crosstalk results in better identification of signaling crosstalk compared to single layer-based methods, suggesting the utility of the multilayer modeling of signaling crosstalk, with potential future applications to extend our approach to tissue- and disease-specific crosstalk.

日時： 2024年5月22日（水）22:00 – 23:00
場所： Zoom 
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
info.kuroda-lab [at] bs.s.u-tokyo.ac.jp
までメールをいただければZoomのURLを送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。

Disrupted circulating metabolite exchange across organs by the Western diet

Dr. Cholsoon Jang

Department of Biological Chemistry, University of California Irvine, Irvine, CA, USA.

[Abstract]

Mammalian organs convert dietary nutrients into circulating metabolites and share them to maintain whole body metabolic homeostasis. The most famous example is the Cori cycle between liver and muscle for glucose-lactate exchange. However, our understanding of this fundamental process is limited to only a few metabolites, organs and conditions. To comprehensively explore this process and obtain novel insights into disease connections, here we employed arteriovenous (AV) metabolomics using unconventional animal model (pigs) and high-resolution liquid chromatography-mass spectrometry. We systematically elucidated the pre- and post-prandial metabolic exchanges across 10 organs in pigs fed either a normal or a high-fat/high-sucrose diet (HFHS). Our analysis detected a total of 1304 (normal) and 1369 (HFHS) statistically significant metabolite exchange events across organs. In pigs-fed a normal diet, metabolite exchanges are evenly distributed across organs during fasting whereas postprandial metabolism (at 30 and 60 min after feeding) primarily occurs in the gastrointestinal organs but also happen in other peripheral organs. Such inter-organ dynamics return to fasting-like conditions at 120 min after feeding, reflecting metabolic homeostasis achieved. In contrast, feeding the HFHS diet just for 2 weeks severely attenuated postprandial inter-organ metabolic exchanges. Metabolic pathway analysis revealed that the most significantly changed circulating metabolites are cholesterols, ceramides, and bile acids, all of which are well-known cardiovascular disease risk factors. These metabolites are aberrantly produced and released by multiple organs only in pigs fed the HFHS diet. Cross-organ RNA sequencing further revealed ectopically expressed synthesis enzymes and induction of known transcriptional regulators. Altogether, our study reveals previously unrecognized multi-organ landscape of postprandial metabolite trafficking under both normal and diabetogenic dietary conditions and provides potential mechanisms of how HFHS diet enhances cardiovascular disease risks via disrupted cross-organ metabolic homeostasis.

日時： 2023年12月13日 (水) 9:00 – 11:00
場所： Zoom
連絡先：理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
info.kuroda-lab [at] bs.s.u-tokyo.ac.jp
までメールをいただければZoomのURLを送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。

Disrupted circulating metabolite exchange across organs by the Western diet

Dr. Cholsoon Jang

Department of Biological Chemistry, University of California Irvine, Irvine, CA, USA.

[Abstract]

Mammalian organs convert dietary nutrients into circulating metabolites and share them to maintain whole body metabolic homeostasis. The most famous example is the Cori cycle between liver and muscle for glucose-lactate exchange. However, our understanding of this fundamental process is limited to only a few metabolites, organs and conditions. To comprehensively explore this process and obtain novel insights into disease connections, here we employed arteriovenous (AV) metabolomics using unconventional animal model (pigs) and high-resolution liquid chromatography-mass spectrometry. We systematically elucidated the pre- and post-prandial metabolic exchanges across 10 organs in pigs fed either a normal or a high-fat/high-sucrose diet (HFHS). Our analysis detected a total of 1304 (normal) and 1369 (HFHS) statistically significant metabolite exchange events across organs. In pigs-fed a normal diet, metabolite exchanges are evenly distributed across organs during fasting whereas postprandial metabolism (at 30 and 60 min after feeding) primarily occurs in the gastrointestinal organs but also happen in other peripheral organs. Such inter-organ dynamics return to fasting-like conditions at 120 min after feeding, reflecting metabolic homeostasis achieved. In contrast, feeding the HFHS diet just for 2 weeks severely attenuated postprandial inter-organ metabolic exchanges. Metabolic pathway analysis revealed that the most significantly changed circulating metabolites are cholesterols, ceramides, and bile acids, all of which are well-known cardiovascular disease risk factors. These metabolites are aberrantly produced and released by multiple organs only in pigs fed the HFHS diet. Cross-organ RNA sequencing further revealed ectopically expressed synthesis enzymes and induction of known transcriptional regulators. Altogether, our study reveals previously unrecognized multi-organ landscape of postprandial metabolite trafficking under both normal and diabetogenic dietary conditions and provides potential mechanisms of how HFHS diet enhances cardiovascular disease risks via disrupted cross-organ metabolic homeostasis.

連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
info.kuroda-lab [at] bs.s.u-tokyo.ac.jp
までメールをいただければZoomのURLを送付いたします。所属機関のメールアドレスでお願いします。個人のメールアドレスはお控えください。その際には、氏名と所属も合わせてお願いいたします。

代謝系における普遍的な線形応答関係

畠山 哲央 博士

東京大学 大学院総合文化研究科 広域科学専攻　助教

【概要】

代謝は生命の物理化学的基盤である。細胞の代謝状態を予測することは生命科学の重要な問題であり、同時に、その挙動を理解することは生物物理学の主要な課題の一つである。また、代謝系が環境変動や薬剤などの投与に対して、どのように応答するかを予測することは、代謝工学や薬物の開発など、実用上も重要である。
これまでの研究では、代謝系の応答を予測するために、Bernhard Ø. Palssonなどによって開発されたconstraint-based modelingが使われることが多かった。この手法では、まず反応の詳細な情報を含む代謝系のモデルを作成し、その最適化問題を解くことによって代謝系がどのような状態を取るのかを予測する。そして、複数の環境間でその最適な状態を比較することで、代謝系の応答を予測する。しかし、これにはいくつかの問題がある。まず、代謝反応の詳細な情報がわからない生物種や細胞種では、そもそも代謝系のモデルを構築すること自体が困難である。また、細胞がどのような目的関数を最適化しているのかを知ることは、原理的に不可能に近い。
それでは、代謝系の詳細に依存せずに、その応答を予測する方法はないのだろうか。我々は、代謝状態そのものではなく、代謝系の摂動に対する応答に焦点を当てることで、代謝応答を普遍的に予測する方法を見出した。具体的には、ミクロ経済学における消費者行動の理論を用いることによって、栄養物（グルコースなど）の量の変化に対する代謝応答と、代謝の効率の変化（代謝阻害剤の投与や中間代謝物の漏れなど）に対する代謝応答の間に線形関係が成り立つことを見出した。この線形関係は、質量保存の法則が成り立つ限り（すなわちどのような系でも）、代謝系の詳細に依存せずに普遍的に成立する。また、栄養物の量の変化に対する代謝系の応答という、比較的測定が容易であると考えられる量さえ知ることができれば、詳細な事前知識なしに、薬剤投与や中間代謝物の漏出に対する代謝系の応答を定量的に予測することができるため、実用上も有用であると考えられる。
本発表では、理論的な基礎からスタートし、具体例を通じて、実際の応用まで議論したいと考えている。
参考文献：

Yamagishi, J. F., & Hatakeyama, T. S. (2023). Linear Response Theory of Evolved Metabolic Systems. Physical Review Letters, 131(2), 028401.
Yamagishi, J. F., & Hatakeyama, T. S. (2021). Microeconomics of metabolism: the Warburg effect as Giffen behaviour. Bulletin of Mathematical Biology, 83(12), 120.

日時： 2023年11月2日（木） 16:00～17:30
場所： Zoom と 会場（東京大学、理学部3号館、412号室）
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
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Insights into starvation-survival of Escherichia coli

Dr. Markus Basan

Department of Systems biology, Harvard Medical School, Boston, MA, USA

【概要】

    Most microbes on earth, whether they live in the ocean, the soil or in animals, are not growing fast, but instead struggling to survive. Some genes and environmental conditions affecting starvation survival have been identified, but despite almost a century of study, we do not know which processes lead to irreversible loss of viability, which maintenance processes counteract them and how lifespan is determined from the balance of these opposing processes. We found that a lack of nutrients results in the collapse of ion homeostasis, triggering a positive-feedback cascade of osmotic swelling and membrane permeabilization that ultimately results in lysis. Based on these findings, we showed that ion transport is the major energetic requirement for starving cells and the primary determinant of cell death. We developed a simple mathematical model that integrates ion homeostasis and nutrient recycling to predict death rate under diverse conditions, such as changes of cell size, medium composition, and prior growth conditions. Guided by model predictions, we found that cell death during starvation could be rescued by replacing inorganic ions from the medium with a non-permeating osmo-protectant, removing the cost of ion homeostasis. 

日時： 2023年9月21日（木） 21:00～22:00
場所： Zoom 
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
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Metabolism, cellular decisions and the language that unites them

Dr. Jared Rutter

Distinguished Professor of Biochemistry, University of Utah School of Medicine

【概要】

     Mitochondria are dynamic and complex organelles that play a central role in all aspects of
biology, including energy production, intermediary metabolism, and apoptosis. These broad
cellular functions also place mitochondria as a central player in human health and disease.
We have focused recently on deciphering the biochemical and cellular functions of conserved
uncharacterized mitochondrial proteins. This has revealed new mechanisms for several
critical aspects of mitochondrial function, including the Mitochondrial Pyruvate Carrier
(MPC), which is required for efficient mitochondrial pyruvate uptake. By perturbing the
metabolic program of cells, MPC manipulation profoundly affects cellular decisions impacting
stem cell homeostasis and uncontrolled proliferation. This observation suggests that
metabolism is not a passive bystander in determining the behavior of cells, but instead plays a
decisive role. One of our current areas of focus, which will be discussed, is to determine the
mechanisms whereby metabolism and metabolites affect behaviors via direct modulation of
proteins involved in signaling, transcription and other regulatory mechanisms. As we
discover these mechanisms, which we hypothesize to be extensive within biology, we will be
enabled to impinge on such phenomena for therapeutic benefit in many disease states.

日時： 2023年7月4日（火） 9:00～10:30
場所： Zoom 
ホスト：黒田 真也

A state of partial Rb inactivation and intermediate E2F activation safeguards proliferation commitment

Dr. Yumi Konagaya (Ida)

Department of Cell & Developmental Biology, Weill Cornell Medicine, New York, NY, USA

【概要】

     Many biological processes such as tissue repair, immune defense, and cancer progression rely on a vital cellular decision of whether to proliferate or stay in quiescence. Mammalian cells commit to proliferation by triggering a positive feedback whereby the transcription factor E2F activates cyclin-dependent kinase 2 (CDK2), which phosphorylates the E2F inhibitor retinoblastoma (Rb) leading to a further increase in E2F activity to express the genes necessary for proliferation. How cells manage to trigger the positive feedback only when needed is a fundamental question since positive feedbacks can inadvertently amplify small perturbations. We use single-cell analysis of E2F and CDK2 activity dynamics to determine how cells control the positive feedback to safeguard proliferation commitment. Strikingly, cells spend variable times of a few hours to over 20 hours in a reversible state of intermediate E2F activity. The intermediate E2F activity is proportional to the amount of phosphorylation of an evolutionary conserved Threonine 373 (T373) site in Rb. In this seminar, I will discuss a dedicated molecular state of intermediate E2F activation in which cells integrate fluctuating signals to reliably decide whether to disengage or fully engage the positive feedback that flips the Rb-E2F switch and initiates cell proliferation.

日時： 2023年2月20日（月） 13:30～15:00
場所： Zoom と 会場（東京大学、理学部3号館、412号室）
連絡先： 理学系研究科 生物科学専攻 生物情報科学科
黒田 真也（skuroda AT bs.s.u-tokyo.ac.jp）

参加希望の方は
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